با‌توجه به اختلافی که بین شعب دیوان عدالت اداری در‌خصوص صلاحیت این نهاد نسبت به دعاوی حقوقی به طرفیت دانشگاه شاهد مطرح بود، نهایتاً رأی وحدت رویه‌ای صادر شد و با استناد به «قانون فهرست نهادها و موسسات عمومی غیردولتی» و «اساسنامه دانشگاه شاهد»، این دانشگاه به‌عنوان نهاد عمومی غیردولتی و وابسته به بنیاد شهید شناخته شد. اما «ماده 3 قانون مدیریت خدمات کشوری» در تعریفی از نهاد عمومی غیردولتی بیان می‌دارد: «نهاد عمومی غیردولتی، واحد سازمانی مشخصی است که: 1. دارای استقلال حقوقی است و با تصویب مجلس شورای اسلامی ایجاد شده یا می‌شود؛ 2. بیش از پنجاه درصد بودجه سالانه آن از محل منابع غیردولتی تأمین گردد؛ 3. عهده‌دار وظایف و خدماتی است که جنبه عمومی دارد.» اولاً، دانشگاه مزبور مصوب مجلس نیست؛ زیرا این دانشگاه مطابق ماده 1 اساسنامه خود در راستای فرمان تاریخی امام خمینی (ره) تأسیس شده‌است. ثانیاً، علی‌رغم تصریح ماده 4 اساسنامه دانشگاه شاهد مبنی بر تأمین بودجه دانشگاه توسط بنیاد شهید، بررسی متن بودجه سال‌های گذشته به صراحت حاکی از این است که تمامی بودجه دانشگاه طی ردیف مشخص (شماره 120100) در قانون بودجه، پیش‌بینی و برعهده خزانه دولت می‌باشد؛ درحالی‌که قسمت دوم ماده 3 قانون مذکور مقرر داشته، بیش از پنجاه درصد بودجه سالانه آن از محل منابع غیردولتی تأمین شود. بنابراین، با‌توجه به موخر بودن «قانون مدیریت خدمات کشوری مصوب 1386» نسبت به «‌قانون فهرست نهادها و مؤسسات عمومی غیر دولتی مصوب 1373» و اهمیت وافر تأمین منابع و میزان آن در قانون اخیرالتصویب، به نظر می‌رسد دانشگاه مزبور را نمی‌توان در جرگه، نهاد‌های عمومی غیردولتی و وابسته به بنیاد شهید انقلاب اسلامی دانست.