به کارمندان مشمول قانون مدیریت خدمات کشوری که بازنشسته می‌شوند به ازای هر سال خدمت یک­ماه آخرین حقوق و مزایای مستمر به اضافه مرخصی‌های ذخیره شده به عنوان پاداش پایان ­خدمت پرداخت می‌شود. در خصوص ملاک محاسبه پاداش پایان­خدمت، علاوه بر حقوق مبنا و پایه، مطابق ماده 1 قانون پرداخت پاداش پایان خدمت و بخشی از هزینه‌های ضروری به کارکنان دولت مصوب 1375 اصلاحی 1379، تمامی فوق‌العاده‌های پرداختی، از جمله فوق‌العاده اضافه‌کار ملاک کسور بازنشستگی و مبنای محاسبه پاداش پایان ­خدمت قرار گرفته بود که با تصویب قانون مدیریت خدمات کشوری به موجب مواد 106 و 107 قانون مدیریت خدمات کشوری، تنها حقوق و مزایای مستمر، ملاک و مبنای محاسبه پاداش پایان ­خدمت و کسور بازنشستگی می‌باشد و مطابق تبصره ماده 76 قانون مدیریت خدمات کشوری، صرفاً فوق‌العاده‌های موضوع بند 2، 3 و 5 ماده 68 قانون مزبور مستمر محسوب می‌شوند لذا فوق‌العاده اضافه‌کار به موجب ماده 76 قانون مدیریت خدمات کشوری، غیرمستمر تلقی شده و به تبع آن غیرقابل محاسبه در پاداش پایان­ خدمت است.
پس از تصویب ماده 59 قانون برنامه پنج­ساله پنجم توسعه جمهوری اسلامی ایران با وجود ابهام صدر و ذیل ماده مذکور، هیئت عمومی دیوان عدالت اداری طی رأی شماره‌ 778 الی 838 مورخ 07/11/1392 حکم به محاسبه فوق‌العاده اضافه‌کار در پاداش پایان ­خدمت در زمان اجرای قانون برنامه پنجم توسعه صادر نمود که رأی مذکور با مفاد رأی شماره 1392 الی 1402 مورخ 10/9/1393 هیئت عمومی دیوان عدالت اداری مبنی بر عدم نسخ حکم ماده 106 قانون مدیریت خدمات کشوری در زمان حاکمیت قانون برنامه پنجم توسعه، مغایرت دارد. ضمن این­که مفهوم مخالف ذیل ماده 59 قانون برنامه پنجم توسعه نیز دلالت بر منع کسر حق بیمه از فوق‌العاده اضافه‌کار بعد از اجرایی شدن قانون مدیریت خدمات کشوری دارد و از همه مهم‌تر این­که؛ شورای نگهبان طرح استفساریه ماده 59 قانون برنامه پنجم توسعه را در خصوص لغو حکم ماده 106 قانون مدیریت خدمات کشوری در زمان اجرای قانون برنامه پنجم توسعه، خارج از محدوده صلاحیت تفسیری و قانون‌گذاری دانسته است که همه دلالت بر عدم امکان کسر حق بیمه از فوق‌العاده اضافه‌کاری در طول اجرای قانون برنامه پنجم توسعه دارد.